Het begon allemaal met een vreemde verschijning - een felle lichtkolom midden in de nacht. Sindsdien zijn er mensen verdwenen en vinden er onverklaarbare zelfmoorden en moorden plaats. De godin van de dood Boogiepop lijkt overal bij betrokken te zijn en Nagi maakt het haar taak om boogiepop te verzorgen en het geheim van haar verschijning in de stad te doorgronden. Boogiepop Phantom is een reeks losjes met elkaar verbonden individuele verhalen, waarin de kijker gaandeweg, maar niet per se in de juiste volgorde, wordt ingewijd in het geheim van Boogiepop. Het vinden en ontrafelen van de cruciale aanwijzingen stelt de kijker voor een spannende maar niet bepaald gemakkelijke taak, wat deze serie tot een boeiende en zenuwslopende mysterieserie maakt.